Secara teori, kinerja merupakan gambaran pencapaian pelaksanaan kegiatan, program, maupun kebijakan dalam mewujudkan sasaran, tujuan, misi dan visi organisasi. Kinerja juga merupakan hasil evaluasi terhadap pekerjaan yang telah dilakukan dibandingkan dengan kriteria yang telah ditetapkan bersama. Jika dikaitkan dengan keuangan negara, maka dapat diartikan bahwa kinerja keuangan negara merupakan hasil atau capaian (output) atas pelaksanaan pengelolaan keuangan negara sebagai wujud pelaksanaan tujuan bernegara sesuai dengan undang-undang.
Bagi pemerintah, pemeriksaan kinerja dimaksudkan agar kegiatan yang dibiayai dengan keuangan negara diselenggarakan secara ekonomis dan efisien, serta memenuhi sasarannya secara efektif. Sedangkan bagi lembaga legislatif, pemeriksaan kinerja merupakan suatu alat (tools) yang dapat digunakan untuk mengukur sejauhmana pemerintah mampu mencapai target yang telah ditetapkan misalkan pengentasan kemiskinan dengan sejumlah dana/anggaran yang telah disepakati bersama, di Indonesia kesepakatan ini dituangkan dalam Undang-Undang APBN.
Pemeriksa melakukan proses penilaian kinerja sebagaimana telah disebutkan di atas yaitu meliputi penilaian aspek ekonomi, efisiensi dan efektifitas. Dari aspek ekonomi dan efisiensi, pemeriksaan bertujuan mengukur apakah suatu entitas telah menggunakan sumber dayanya dengan cara paling produktif dan optimal dalam mencapai tujuan program/kegiatan. Sedangkan dari aspek efektifitas, pemeriksaan bertujuan mengukur sejauh mana suatu program/kegiatan mencapai tujuannya.
Apabila dicermati, konsep pemeriksaan kinerja berdasarkan tiga aspek tersebut berkaitan dengan pemeriksaan terhadap alur dalam suatu sistem pengelolaan keuangan, yaitu input, proses, output dan outcome. Dimana input merupakan sumber daya dalam bentuk dana, sumber daya manusia (SDM) peralatan dan material yang digunakan untuk menghasilkan output. Kemudian proses merupakan serangkaian kegiatan operasional yang menggunakan input untuk menghasilkan output. Selanjutnya output adalah barang-barang produksi, jasa yang diserahkan/diberikan atau hasil-hasil lain dari proses atas input. Sedangkan outcome merupakan tujuan atau sasaran yang akan dicapai melalui output (berfungsinya output). Dari uraian ini, dapat ditarik garis besar bahwa pemeriksaan dari aspek ekonomi berkaitan dengan input, aspek pemeriksaan efisiensi berkaitan dengan input, proses dan output, sedangkan aspek pemeriksaan efektivitas berkaitan dengan output dan outcome.
Pemeriksaan kinerja dilakukan secara objektif dan sistematik dengan didasarkan atas berbagai bukti untuk menilai kinerja program maupun kegiatan suatu entitas pemerintah. Pemeriksaan ini akan menghasilkan informasi yang berguna dalam rangka peningkatan kinerja suatu program atau kegiatan, yang nantinya akan memudahkan pengambilan keputusan bagi pihak yang bertanggung jawab dalam mengawasi dan mengambil tindakan koreksi yang bersifat konstruktif. Selain itu, pemeriksaan kinerja juga memberikan manfaat dalam pertanggungjawaban publik. Hasil dari pemeriksaan kinerja dituangkan dalam Laporan Hasil Pemeriksaan yang memuat temuan, simpulan dan rekomendasi.
Namun sangat disayangkan bahwa hasil pemeriksaan kinerja yang seharusnya dapat lebih menggambarkan kinerja pemerintah sampai saat ini hanya dijadikan sebagai suplemen dari Laporan Keuangan Pemerintah Pusat (LKPP) yang notabene hanya berisikan angka-angka saja dan membandingkan berapa alokasi dana yang diterima, pengeluaran yang dilakukan, serta bagaimana pencatatan transaksi pengeluaran dilakukan sesuai dengan standar akuntansi yang telah ditetapkan. Jika sesuai dengan kriteria yang ditetapkan dalam standar maka suatu entitas atau institusi akan mendapatkan “cap/stempel” wajar tanpa pengecualian (WTP) meskipun belum menjamin bahwa kinerja yang dihasilkan apakah sesuai dengan target output dan outcome yang diharapkan atau tidak ada penyimpangan (fraud) dalam pelaksanaan kegiatannya.
